细菌感染是由链球菌、葡萄球菌、流感嗜血杆菌等侵犯人体所引起的感染，病毒感染常见的是由肠病毒、腺病毒、流感病毒等各种病毒侵犯人体而引起的感染。病毒感染与细菌感染通常都有发热的症状，病毒感染多为持续性高热，退热药的效果较好，而细菌性发热体温波动比较大，且伴有寒战，退热效果往往比较差，不易彻底治疗。
病毒性感染会伴随流鼻涕、咳嗽、少痰，也可以伴有皮疹。而细菌性感染多有流脓鼻涕，咳痰多为黄脓痰，且较少出现皮疹。病毒性感染通常白细胞总数正常或偏低，中性粒细胞比例偏低，淋巴细胞比例偏高。而细菌感染白细胞总数升高，中性粒细胞比例也明显升高。进行病原学检查可以看到细菌，而细菌的培养是在临床上区分细菌感染和病毒感染最可靠的方法。